Het intern toezicht op het bestuur van Innoord wordt uitgeoefend door de Raad van Toezicht. De Raad ziet toe op de wijze van besturen en vervult daarbij drie verschillende rollen.
De Raad vergadert vijf maal per jaar met de bestuurder, daarnaast bezoekt zij regelmatig de scholen van de stichting en overlegt zij twee maal per jaar met de GMR. Om de besluitvorming binnen de Raad te ondersteunen heeft de Raad een drietal commissies ingericht. Dit betreft de commissies financiën en bedrijfsvoering, governance en bestuurszaken en onderwijs en kwaliteit.
Mevrouw A.C.J. Hulk
Mevrouw A.C.J. Hulk, lid van de Raad en tevens lid van zowel de commissie governance en bestuurszaken als de commissie onderwijs en kwaliteit. Mevrouw Hulk is emeritus hoogleraar aan de Universiteit van Amsterdam met ruime ervaring en expertise in onderzoek van kinderen die meertalig opgroeien, onderwijs en kwaliteitszorg. Naast lid van de Raad van Toezicht van Innoord is mevrouw Hulk tevens lid van de Raad van Toezicht van de Vrije Universiteit.
De heer J.A. de Haas
De heer J.A. de Haas, voorzitter van de Raad en voorzitter van de commissie governance en bestuurszaken. De heer De Haas is een zeer ervaren oud-bestuurder en toezichthouder (onder andere Mediacollege te Amsterdam, GMI-designschool). De heer De Haas is benoemd op voordracht van de GMR.
Mevrouw A.C. Kaijer
Mevrouw A.C. Kaijer, lid van de Raad en voorzitter van de commissie financiën en bedrijfsvoering. Mevrouw Kaijer heeft ruime leidinggevende ervaring op de beleidsvelden onderwijs en bedrijfsvoering. Zij heeft daadwerkelijk in het primair (en voortgezet) onderwijs gewerkt als directeur en leerkracht. Mevrouw Kaijer is momenteel werkzaam bij de Veiligheidsregio Zaanstreek- Waterland. Zij is benoemd op voordracht van de GMR.
De heer F.P. Martin
De heer F.P. Martin, lid van de Raad en lid van de commissie financiën en bedrijfsvoering. Ook de heer Martin is een ervaren bestuurder en toezichthouder bij zowel overheids-, onderwijs- als welzijnsorganisaties. Daarnaast is de heer Martin founder en voorzitter van stichting De Driehoek en heeft hij in het verleden lesgegeven in het voortgezet onderwijs.
Mevrouw P.E. van Beveren
Mevrouw P.E. van Beveren, lid van de Raad en tevens voorzitter van de commissie onderwijs en kwaliteit. Zij is verbonden aan de Hogeschool Utrecht als expert samen opleiden, tevens is zij programmaleider van de Nieuwe Opleidingsschool Amsterdam (NOA). Naast lid van de raad van toezicht van Innoord is zij lid van de Peerreview Commissie Samen Opleiden en Professionaliseren van DUS-I van Ministerie OCW, lid van de agendacommissie van het Landelijk Netwerk Huisacademies PO-, VO-raad en lid van de ledenraad en voorzitter van een themagroep van de Vereniging Lerarenopleiders Nederland. Mevrouw Van Beveren is namens de GMR in de raad benoemd.
Zoals in de statuten van de stichting is beschreven, vervullen de leden van de Raad van Toezicht hun taak als lid onafhankelijk van de stichting.