Het intern toezicht op het bestuur van Innoord wordt uitgeoefend door de Raad van Toezicht. De Raad ziet toe op de wijze van besturen en vervult daarbij drie verschillende rollen.
De Raad vergadert vijf maal per jaar met de bestuurder, daarnaast bezoekt zij regelmatig de scholen van de stichting en overlegt zij twee maal per jaar met de GMR. Om de besluitvorming binnen de Raad te ondersteunen heeft de Raad een drietal commissies ingericht. Dit betreft de commissies financiën en bedrijfsvoering, governance en bestuurszaken en onderwijs en kwaliteit.
De heer J.A. de Haas MBA, voorzitter van de Raad en voorzitter van de commissie governance en bestuurszaken. De heer De Haas is een zeer ervaren oud-bestuurder en toezichthouder (onder andere Mediacollege te Amsterdam, GMI-designschool). De heer De Haas is benoemd op voordracht van de GMR.
Mevrouw A.C. Kaijer, lid van de Raad en voorzitter van de commissie financiën en bedrijfsvoering. Mevrouw Kaijer heeft ruime leidinggevende ervaring op de beleidsvelden onderwijs en bedrijfsvoering. Zij heeft daadwerkelijk in het primair (en voortgezet) onderwijs gewerkt als directeur en leerkracht. Mevrouw Kaijer is momenteel werkzaam bij de Veiligheidsregio Zaanstreek- Waterland. Zij is benoemd op voordracht van de GMR.
Mevrouw P.E. van Beveren, lid van de Raad en tevens voorzitter van de commissie onderwijs en kwaliteit. Zij is sinds 2017 verbonden aan de Hogeschool Utrecht als programmaleider. Daarvoor bekleedde zij diverse managementfuncties in het hoger onderwijs. Hiernaast is zij lid van de Peerreview Commissie Samen Opleiden en Professionaliseren van het Ministerie OCW, lid van de agendacommissie van het Landelijk Netwerk Huisacademies PO-, VO-raad en voorzitter van verschillende thema- en werkgroepen bij de Vereniging Lerarenopleiders Nederland en Vereniging Hogescholen. Mevrouw Van Beveren is namens de GMR in de raad benoemd.
De heer D. Ousji MSc in binnen de Raad van toezicht lid van de commissie financiën en bedrijfsvoering. Daarnaast werkt hij als manager financiën en bedrijfsvoering bij woningbouwvereniging De Sleutel in Leiden. Hij behaalde zijn Master of Science in Controlling aan Nyenrode Business Universiteit.
Mevrouw W. Tjalsma is binnen de Raad van toezicht lid van de commissie onderwijs en kwaliteit. Ze heeft ruime ervaring in het onderwijs, zowel in een bestuurlijke als in een toezichthoudende rol. Momenteel werkt zij als bovenschools manager primair onderwijs in Volendam.
Zoals in de statuten van de stichting is beschreven, vervullen de leden van de Raad van Toezicht hun taak als lid onafhankelijk van de stichting.